Si verifica quando un bambino eredita due geni difettosi, uno da ciascun genitore, di una proteina chiamata CFTR. La frequenza dei portatori di geni FC in Italia e nel mondo occidentale è approssimativamente 1 su 25. I portatori con una sola versione anomala del gene responsabile della FC non hanno la FC né evidenziano alcun sintomo della malattia. Ma quando due genitori portatori hanno un figlio, esiste una probabilità su quattro che il bambino nascerà con FC.